Integrazione del CUP nelle fatture elettroniche: le nuove indicazioni di Agea

Agea ha pubblicato delle nuove Istruzioni Operative, le n. 32/2026, recependo le indicazioni tecniche fornite dall’Agenzia delle Entrate. Il documento introduce importanti chiarimenti sulle modalità con cui i beneficiari di incentivi pubblici possono regolarizzare eventuali errori o omissioni legati all’indicazione del Codice Unico di Progetto (CUP) nelle fatture elettroniche. L’inserimento del CUP nelle fatture relative a beni e servizi finanziati con risorse pubbliche non è una novità: l’obbligo è infatti stabilito dal Decreto-Legge n. 13 del 2023. Le nuove istruzioni, tuttavia, intervengono per rendere più chiaro e uniforme il processo di correzione, estendendosi a tutte le misure gestite da AGEA, indipendentemente dal fatto che siano finanziate con fondi nazionali o europei.

Come funziona la procedura

Per sanare eventuali errori, l’Agenzia delle Entrate ha messo a disposizione una specifica funzionalità all’interno del portale “Fatture e Corrispettivi”. Attraverso questo servizio, accessibile dall’area riservata del sito istituzionale, il soggetto che riceve la fattura può intervenire direttamente per integrare un CUP mancante oppure correggere un codice inserito in modo errato.  La piattaforma consente anche di consultare l’elenco dei CUP già presenti o precedentemente integrati nelle fatture elettroniche ricevute, offrendo così uno strumento utile per il controllo e la verifica della documentazione.

Chi può utilizzare il servizio

L’utilizzo della procedura è però soggetto ad alcune condizioni. Innanzitutto, può essere applicata solo alle fatture con data successiva al 31 maggio 2023. Inoltre, oltre al beneficiario diretto, l’integrazione può essere effettuata anche da un intermediario delegato, purché abilitato alla consultazione e acquisizione delle fatture elettroniche secondo la normativa vigente.

Un’unica modalità per la regolarizzazione

Uno degli aspetti più rilevanti introdotti dalle nuove istruzioni riguarda l’esclusività dello strumento: la procedura disponibile sul portale dell’Agenzia delle Entrate diventa infatti l’unico canale valido per regolarizzare il CUP. Di conseguenza, tutte le precedenti modalità previste da circolari o disposizioni operative devono considerarsi superate, lasciando spazio a un sistema più uniforme e centralizzato.

Più semplicità e meno rischi

L’obiettivo delle nuove disposizioni è quello di semplificare i processi di controllo e rendicontazione delle spese legate agli incentivi pubblici, aumentando al tempo stesso il livello di trasparenza. Una corretta gestione del CUP nelle fatture consente infatti di ridurre il rischio che le spese vengano considerate non ammissibili per semplici errori formali. Per questo motivo, è fondamentale che beneficiari e Centri di Assistenza Agricola (CAA) prestino particolare attenzione alla verifica dei documenti di spesa, intervenendo tempestivamente in caso di anomalie.